Andagoia gain batean kokatzen da Kuartangoko bailarako iparraldean “El Castillo”, “La Llana” eta “Alto de Santa Cruz” hegalen artean. Hegalen ertzetatik Izarra eta Abeziara doazen bide zaharrak doaz. Ilunbe zubitik, Kuartangotik Urkabustaizerainoko ibilbideko errege-bideen gurutzabidea, bide labur bat iristen zen Andagoiaraino bi begiko zubi zahar batetik Baiaren ibaiadar txiki bat zeharkatuz. Urkabustaizeko lurrekin mugatuta dorretxe bat izan zuen, Aiala jaunarena izango zena, eta Carlos I.ari aurre egiteko komuneroen borrokan txikitua izango zena. XVI. mendearen lehenengo erdialdean, Andagoia Amerikako historiaren parte izatera pasatu zen Pascual de Andagoiaren irudiarekin, Peruko protoaurkitzailea. Pazifiko kostaldeko lurrak aztertzen zituzten espedizioetan parte hartu zuen Nuñez de Balboaren agindupean, eta erregeak “adelantado del río San Juan” izendatu zuen. Andagoiak elizgizon ikasiak izan zituen, aipatzekoa Martin Martinez de Andagoiaren kasua, zeinek 1506an Julio II. Aita Santuari eskatuta, Andagoiako Santa Maria elizarako induljentzia garrantzitsuak lortu zituen.
1257an “Andagoyen” tokia erregistratzen zen Aznar artzapezpikuaren gutunean. XVI. mendea bukatzean, Andagoiak hogeita hamar biztanle zituen, Orduko hartan herriak ia euskaraz bakarrik hitz egiten zuen. Mende bat geroago, populazioa era izugarrian murriztu zen hamazortzi biztanlera iritsiz. Mende bat geroago, populazioak bere mailarik altuena lortu zuen 152 biztanle izatera iritsiz; orduan Andagoian hiru kapare-etxe eta sei eskulangile, bost ehule eta jostun bat zeuden. Egungo mende hasieran Andagoiak 110 biztanle zituen eta 2017ko azkeneko erroldan, 25.